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Este estudio demuestra que la reconstrucción activa del hábitat mediante aprendizaje automático puede lograr un aumento de la aptitud biética en bacterias equivalente al obtenido por mutaciones genéticas, desafiando la visión de que la adaptación depende exclusivamente de cambios genéticos.
HiMaLAYAS es un paquete de Python que permite la anotación basada en enriquecimiento estadístico de matrices biológicas y no biológicas organizadas mediante agrupamiento jerárquico, tratando a los clústeres como unidades estadísticas para visualizar anotaciones significativas junto a la matriz.
Este estudio demuestra que el tratamiento con un anticuerpo monoclonal novedoso dirigido contra CD160, el cual agota células NK y otras poblaciones de linfocitos T citotóxicos, previene eficazmente la disfunción miocárdica en un modelo murino de miocarditis autoinmune al inhibir múltiples vías inflamatorias.
Este estudio presenta una metodología de análisis de sistemas basada en redes y aprendizaje no supervisado para demostrar que mutaciones en el codón adyacente al sitio A del ribosoma alteran la dinámica de interacciones de puentes de hidrógeno en el sitio P, revelando así señales alostéricas de largo alcance que modulan la traducción.
Este estudio integra análisis proteómicos, metabolómicos y lipidómicos en pulmones y músculos de marsopas comunes con salud respiratoria comprometida para identificar firmas moleculares y vías desreguladas que vinculan el estrés ambiental con respuestas fisiológicas sistémicas, ofreciendo así herramientas clave para el monitoreo de la salud y la conservación de esta especie.
Este estudio demuestra que en la levadura *Saccharomyces cerevisiae* la competencia entre la síntesis de proteínas mitocondriales y citosólicas genera un interruptor metabólico bistable que alterna entre estados de crecimiento fermentativo y respiratorio mediante un bucle de retroalimentación positiva en la traducción mitocondrial.
Este estudio evalúa cómo la incertidumbre profunda en los parámetros de los modelos farmacocinéticos basados en fisiología (PBPK) afecta la variabilidad de las predicciones de exposición tisular, revelando que los errores en la estimación de propiedades moleculares y las suposiciones del modelo pueden generar discrepancias significativas, especialmente para moléculas lipofílicas y protonadas.
El artículo propone una estrategia de optimización de acoplamiento bimodal en sistemas biológicos, donde osciladores como los del ritmo cardíaco-respiratorio y los islotes pancreáticos alternan dinámicamente entre modos sincronizados (ahorro energético) y desincronizados (prioridad funcional) para equilibrar la eficiencia energética con la demanda operativa.
Este estudio presenta un marco de análisis de alcanzabilidad de glicanos que, al utilizar un principio de cuello de botella sobre datos de transcriptómica, supera las limitaciones de los enfoques binarios para cuantificar con mayor precisión la capacidad biosintética específica de tejidos.
El ensayo controlado aleatorizado RENEWAL-NAD+ demostró que la administración oral de la formulación patentada LNAD+ aumenta significativamente los niveles de NAD+ intracelular y la actividad metabólica en adultos sanos sin elevar el NAD+ circulante, manteniendo un perfil de seguridad favorable.
Este estudio presenta un nuevo enfoque integrador basado en modelos que unifica datos heterogéneos de 21 estudios in vitro sobre el agonista del receptor GLP-1R exenatida, resolviendo variabilidades experimentales para establecer conclusiones coherentes que vinculan la biología celular con mecanismos clínicamente relevantes.
Este estudio revela que, a diferencia de los organismos unicelulares, los enzimas metabólicos humanos no siguen un único principio de minimización de costos, sino que se organizan en cuatro arquetipos de aminoácidos que reflejan estrategias económicas complejas de ahorro, intercambio e internalización de externalidades, lo que demuestra que la economía del proteoma en organismos multicelulares integra producción, intercambio y regulación.
Utilizando resultados de la teoría de grafos extremal, este estudio demuestra que la predominancia de uniones trifurcadas en las redes mitocondriales hace estadísticamente probable la formación de un componente grande, sugiriendo que esta estructura puede ser un modelo nulo esperado sin necesidad de explicaciones biológicas específicas.
Este estudio realiza un análisis proteogenómico pan-canceroso del Sistema Ubiquitina-Proteasoma para identificar E3s clínicamente accionables, redes regulatorias y dependencias proteostáticas, presentando además la plataforma interactiva UbiDash como recurso para la priorización terapéutica.
El marco probabilístico MINGL cuantifica la organización tisular multicelular al transformar las anotaciones de vecindarios discretos en medidas continuas de gradientes, heterogeneidad y fronteras, revelando así interfaces enriquecidas y remodelaciones asociadas a enfermedades en diversos contextos espaciales.
El estudio identifica que la resistencia a gemcitabina en el cáncer de páncreas surge de un cuello de botella en la red de interacciones proteicas impulsado por el eje CDK1-CDKN1A-WEE1, el cual mantiene a las células en un estado de persistencia de la fase S al acoplar la progresión del ciclo celular con la transición epitelial-mesenquimal, un hallazgo validado en un atlas de más de 726.000 células de pacientes.
El artículo presenta VIOLIN, un marco modular y configurable en Python que reconcilia automáticamente interacciones moleculares extraídas de la literatura con modelos estructurados, clasificando las relaciones en corroboraciones, contradicciones, casos señalados o extensiones, y demostrando su alta precisión y estabilidad mediante evaluaciones con sistemas de procesamiento de lenguaje natural y modelos de lenguaje grandes.
Este estudio revela que el hígado de ratón mantiene una notable robustez termodinámica en su paisaje de energía libre de Gibbs durante el ayuno y la obesidad, logrando un cambio eficiente entre la glucólisis y la gluconeogénesis mediante la inversión en la expresión enzimática para amortiguar las fluctuaciones de los metabolitos.
El artículo presenta NeighborFinder, un paquete de R que infiere redes microbianas locales centradas en una especie de interés mediante regresión lineal múltiple con penalización L1, ofreciendo una alternativa computacionalmente eficiente y precisa a los métodos de redes globales para el estudio de interacciones específicas en grandes conjuntos de datos metagenómicos.
Este trabajo presenta un enfoque de aprendizaje automático basado en grafos que predice con alta precisión los efectos de las perturbaciones génicas en fenotipos moleculares, permitiendo priorizar experimentos, inferir mecanismos biológicos y generalizar a otros fenotipos sin necesidad de realizar costosos ensayos para cada gen.